1 სექტემბერი 1967 წელს დაინიშნა სოხუმისა და აფხაზეთის ეპისკოპოსად. IN 1969 წლით ამაღლდა მიტროპოლიტის ხარისხში.
კათოლიკოს-პატრიარქის დავით V-ის გარდაცვალების შემდეგ 9 ნოემბერი 1977 წლის, წმინდა სინოდის გადაწყვეტილებით პატრიარქად დაინიშნა. 23 დეკემბერი 1977 წელს აირჩიეს კათოლიკოს-პატრიარქად; ელიას აღსაყდრება შედგა 25 დეკემბერი 1977 წლის.
1978-1983 ეკლესიათა მსოფლიო საბჭოს პრეზიდენტი. IN 1997 წელს საქართველოს მართლმადიდებელი ეკლესია გამოვიდა ამ ორგანიზაციიდან.
ილიას საპატრიარქომ 1980-იან წლებში საქართველოში მართლმადიდებლობის მასიური აღორძინება დაინახა.. დაწყებული 1989 წლის არაერთხელ ასრულებდა შუამავლის როლს მეომარ პოლიტიკურ პარტიებს შორის. თბილისში სომხური ძეგლის „გაქართულების“ გეგმას ეწინააღმდეგებოდა, ისევე, როგორც, შეიარაღებული კონფლიქტის დაწყების მიუხედავად, აფხაზებს და ოსებს ძმები უწოდა[5]
ფრომიდან 1 on 4 მარტის 2007 წლის რუსეთის მართლმადიდებელი ეკლესიის მიწვევით რუსეთში ვიზიტით იმყოფებოდა, რომლის დროსაც გაიმართა "მართლმადიდებლური ენციკლოპედიის" მე-13 ტომის პრეზენტაცია., რომელიც შეიცავს ვრცელ სტატიას საქართველოს ეკლესიის შესახებ
წყარო : https://ru.wikipedia.org/wiki/Илия_II_(სრულიად საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქი)