1 сентября 1967 года назначен епископом Сухумским и Абхазским. В 1969 году возведён в сан митрополита.
После смерти католикоса-патриарха Давида V 9 ноября 1977 года, решением Святого Синода был назначен Патриаршим Местоблюстителем. 23 декабря 1977 года был избран Католикосом-Патриархом; интронизация Илии состоялась 25 декабря 1977 года.
В 1978—1983 годы был президентом Всемирного совета церквей. В 1997 году Грузинская Православная Церковь вышла из этой организации.
В патриаршество Илии произошло масштабное возрождение православия в Грузии в 1980-е годы. Начиная с 1989 года неоднократно действовал как посредник между враждующими политическими сторонами. Выступал против плана «грузинизации» армянского памятника в Тбилиси, а также, несмотря на начало вооруженного конфликта, называл абхазов и осетин братьями[5]
С 1 по 4 марта 2007 года по приглашению Русской православной церкви находился с визитом в России, в ходе которого состоялась презентации 13-го тома «Православной Энциклопедии», в котором помещена обширная статья о Грузинской Церкви
Источник : https://ru.wikipedia.org/wiki/Илия_II_(католикос-патриарх_всея_Грузии)